O Programa de Pós-Graduação em Ciências Sociais/PPCIS foi criado em 1994, tendo como objetivo principal formar mestres para o ensino e a pesquisa acadêmica, tendo como área de concentração original os estudos urbanos.

Em 1998, o Colegiado deu início à elaboração do projeto de criação do doutorado, cuja primeira turma foi aberta em 1999. A proposta inicial do Programa foi ampliada, nesse período, a partir de dois grandes seminários internacionais, "Fronteiras e Interseções" e "Metodologias", que deram oportunidade a um amplo debate sobre a importância da interdisciplinaridade nas Ciências Sociais. O Programa passou a se destacar por oferecer aos seus alunos uma formação interdisciplinar na área de Ciências Sociais, tendo como pressuposto o diálogo entre disciplinas sem o rompimento de suas fronteiras. 

O programa de doutorado foi prontamente reconhecido pela CAPES e avaliado de início também com nota 4 (quatro). Em 2004, o PPCIS teve seus esforços de aprimoramento reconhecidos pela CAPES, sendo seu conceito elevado para 5 (cinco). 

Ao longo dos anos, o Programa tem passado por sucessivas reelaborações, buscando sempre uma melhor maneira de traduzir na prática universitária sua proposta interdisciplinar. Os alunos cumprem sua formação teórica em uma das três áreas disciplinares, sendo exigido também que eles ampliem seus conhecimentos a partir de uma segunda área disciplinar. No que tange à metodologia, são oferecidos cursos de métodos e técnicas, qualitativos e quantitativos; pesquisa histórica; e, ainda, uso de imagens na pesquisa em ciências sociais. As demais disciplinas são oferecidas a partir das linhas de pesquisa e dos projetos desenvolvidos pelos professores. 

O PPCIS conta com a participação de um conjunto expressivo de profissionais que, além das atividades de ensino, têm contribuições no âmbito da pesquisa acadêmica reconhecidas nacional e internacionalmente, em diversas áreas temáticas. A partir da colaboração de profissionais das áreas de Antropologia, Sociologia e Ciência Política, as pesquisas têm se destacado por se concentrarem em problemas sociais e dilemas éticos presentes em práticas sociais contemporâneas.